تمد النباتات المائية بالأكسجين وتوفر الغطاء ويمكن أن تكون غذاءً للحشرات التي تأكلها الأسماك. تحمي النباتات الشواطئ من تآكل الأمواج وتعمل كموطن تغذية وتعشيش للطيور المائية (البط والإوز وغيرها). تعتبر النباتات المائية مرغوبة ومفيدة لمجتمعات الأسماك ولكنها يمكن أن تسبب مشاكل في الصيد من خلال إعاقة وصول الصيادين. تحقق أسماك القاروس الكبير والخيشوم الأزرق أفضل أداء عندما تغطي النباتات المائية 20% إلى 30% من سطح البركة في الصيف. يمكن أن تتسبب الكثافات النباتية الأكبر من 30% في قتل الأسماك ويمكن أن تؤدي إلى تجمعات أسماك غير متوازنة. يمكن أن تحدث حالات نفوق الأسماك عندما تموت النباتات الوفيرة وتتحلل، مما يتسبب في استنزاف الأكسجين. لا تحدث مشاكل النباتات المائية عادةً في الأحواض المنشأة بشكل صحيح.
يتم تجميع النباتات المائية في خمس فئات عامة: الطحالب، والطحالب العائمة، والعائمة المتجذرة، والطافية على الجذور، والنباتات المغمورة، والطارئة. يمكن لمالكي الأحواض استخدام مفتاح التعرف على النباتات أو الاستعانة بشخص مؤهل للتعرف على النباتات في أحواضهم.